原子力顯微鏡在研究細菌吸附時，使用了多種固定細菌細胞的方法。根據細菌固定的位置，可將固定方法分為兩類：一是細胞固定在支持物上，探針可以是氮化硅或硅探針，抑或是膠結有微米尺寸珠子的微懸臂，由于制作均質性探針受到材料的限制，因此研究細菌與不同固相界面間的相互作用也將受到制約；二是細胞固定在探針上，即細胞探針，此種固定方法彌補了前面一種方法的不足，可用于探究細胞探針與任何感興趣的固相表面間的相互作用，但該技術的缺陷是細胞探針表面較大，成像的分辨率低，力測定值是探針與研究表面間微米水平接觸區域的力效應的平均值，且很難獲得準確的探針半徑及細胞或胞外大分子的取向。另外，兩類細胞固定技術都需要保持細胞的自然狀態，且細胞固定力大于細胞與界面間作用力。