由于原子力顯微鏡是對固定在表面的樣品進行成像，所以固定樣品的載體(基底)對于能否得到理想的結果是至關重要的。一個理想的基底應具有以下特點：

　　在實驗室環境下具有化學穩定性、容易制備、相對便宜、能簡便的進行修飾并且能長時間保存。對于許多分析目的而言，理想的基底應包括較大范圍的相當平整的區域，這點是相當重要的。

　　原子力顯微鏡的成像載體種類比較多，根據研究工作對成像載體表面粗糙度及其它表面特性的要求可選擇云母片、硅片、玻璃片、金膜、生物膜、石墨等做基底，其中常用的是云母。云母是一種相當平的基底，幾平方微米范圍內的表面粗糙度只有幾埃，吸附能力強，價格便宜，容易剝離得到新鮮潔凈的表面，且可進行化學修飾。云母的這些優點決定了它是種理想的基底，能用于許多物質的成像，如從DNA到活細胞的成像都能采用云母作為基底。金膜和硅片也用得比較多，雖然金膜較云母貴，但它易于與疏基化合物得用Au-S鍵形成牢固的共價鍵合。通過對其末端基團進行修飾、控制，可以得到不同性質的表面。由于這種固定方法主要是利用結合比較強的Au-S鍵，所以固定效果好，無論原子力顯微鏡在大氣還是在液體中成像或進行力曲線測定都可以。

　　目前，如何獲得更好的原子力顯微鏡成像載體以滿足不同實驗要求方面的研究工作也是一個很有意義的研究方向。